現今臺灣人普遍信仰媽祖，卻很少人知道鄭成功來臺后，主要的民間信仰是玄天上帝，從玄天上帝轉變成媽祖信仰，是清朝刻意操作的結果。

　　玄天上帝和媽祖都屬于海神，早在漢代就是閩南人的北極星方位之神與守護航海的水神。臺灣先民渡海時，以北極星作為航線指標，安然抵達臺灣后，自然會崇拜玄天上帝。

　　到了明代，據說明太祖朱元璋因玄天上帝保佑而打敗元朝，因此在南京建廟奉祀。當時民間很多人拜玄天上帝，明太祖也想要借此收攬民心、鼓舞士氣。

　　鄭成功是借著海上武力崛起，加上故鄉泉州南安縣信仰玄天上帝，因此很自然地祭祀玄天上帝，臺南延平郡王祠原藏有“鄭成功披發仗劍圖”，“披發仗劍”是玄天上帝塑像的基本形貌，鄭成功心理上可能以北極星自居，可見玄天上帝在他心目中的重要地位。

　　鄭成功趕走在臺灣的荷蘭人后，明鄭的諮議參軍陳永華為革除荷蘭人所留下的基督教信仰，積極興建漢人寺廟，其中以玄天上帝廟和關圣帝廟最多，還有保生大帝廟、觀音寺等各種廟宇，就是沒有媽祖廟。

　　清朝靠騎射得天下，原本沒有注意航海神祇媽祖，首次注意到媽祖的威力，是在1680年元月，清朝將領萬正色率領的2艘大船被明鄭水師副總督朱天貴擊沉。隔月，萬正色和明鄭水師總督林陞在崇武（位于福建惠安縣）對決時，突然海風大起，林陞下令全軍退到金門料羅灣。

　　在廈門的鄭經以為林陞大敗，趕緊將陸軍主帥劉國軒和他的軍隊從觀音山（位于廈門東岸）調回防守，造成陸軍軍心動搖；清軍趁機發動攻勢，廈門人心惶惶，百姓攜家帶眷逃離，鄭經只好撤離廈門，退到澎湖。

　　萬正色將這次勝仗歸功于那場突發的海風，認為是媽祖顯靈庇佑，上奏后，康熙皇帝派官員到福建冊封媽祖為“護國庇民妙靈昭應弘仁普濟天上圣母”，是清朝廷第一次對媽祖表達尊崇。

　　萬正色發現當時臺灣和澎湖軍民有不少人信奉媽祖，開始以“克復廈門，神靈協助”為號，對明鄭水師展開心理攻勢。與媽祖同鄉的朱天貴撤退臺灣時，率眾投降清朝，使鄭軍損失了1/3水師軍力，算是清朝運用媽祖信仰的成功策略。

　　3年后，清朝廷起用施瑯為水師提督，負責攻打臺灣。施瑯家族原信奉玄天上帝，但他奉命征討臺灣，卻充分運用媽祖信仰的力量，與他的戰功劃上等號。

　　當時攻臺主帥吳英是莆田人，莆田人在軍中勢力很大。施瑯先以莆田平海作為海軍基地，取“討平海逆”之意，并運用媽祖家鄉的民力民氣；接著親自率領各陣營將領到福建湄州天妃宮向媽祖致謝，捐錢重建媽祖的梳妝樓朝天閣，以獲取信仰媽祖的福建、廣東沿海居民認同。

　　施瑯在澎湖大敗明鄭的劉國軒，鄭克塽投降滿清后，施瑯隔年班師回福建，上奏請求敕封媽祖，提到媽祖神跡：在澎湖攻敵時，部將們都看到媽祖仿佛在上方，又像在左右。平海的人也說看到媽祖神像的衣袍濕透，深信是媽祖顯靈助戰，而且媽祖早有預言：“21日必得澎湖，7月可得臺灣。”

　　康熙皇帝因而在湄州島建天妃廟，媽祖再被升級，封為“護國庇民妙靈昭應仁慈天后”，是清朝廷第二次對媽祖表達尊崇。施瑯也順著旨意，率領征臺將領捐出薪俸，將臺南的寧靖王府改為大天妃宮，1720年，大天妃宮改名為大天后宮，成為臺灣奉祀媽祖的首廟，此時媽祖逐漸取代玄天上帝，成為臺灣人民信仰的主流。

　　媽祖文化信仰從此獲得清朝廷鼎力扶持，如日中天快速發展；加上福建和廣東移民大量涌入，各地紛紛建立媽祖廟，建了媽祖廟的地方，即代表著清朝政權掌控所在。

　　簡言之，清朝廷先是以媽祖替代明鄭奉祀的玄天上帝信仰來籠絡民心，后來又多次借媽祖顯靈幫助清軍的神跡，應付在臺灣發生的民變，強化清朝統治是順應天意，以鞏固政權。

　　除了政治因素，臺灣的媽祖信仰更因商業活動而興盛，各地媽祖廟附近自然而然發展出市集。清代臺灣商業主導者是經營臺灣與大陸兩岸貿易的“郊行”，郊行為祈求往來臺灣海峽的船只在風濤險惡中人貨安全，奉海神媽祖為“行神”。隨著郊行遍及臺灣南北重要港市，媽祖信仰也日趨鼎盛。

　　各郊行除了是總批發商、進出口貨商、同業聯合公會，更有神明會的功能，非常注重祭祀。每年農歷3月23日媽祖祭典生日，各地郊行會舉行大祭，由郊行領袖擔任主祭者，祭祀后舉行會議，商定公共事宜，最后獻戲娛樂神明，并借此聯系感情，鼓勵同業團結，禁止惡性競爭。

　　經過清朝廷計劃性宣揚與祭祀、加封號、賜匾額、建廟宇，臺灣人更虔誠篤信媽祖，福建與廣東移民在共同信仰下，逐漸融為一家人；加上商業活動的推波助瀾，媽祖信仰從此蓬勃發展。