內容繁多的閩南民俗，是閩南文化亮麗的地方特色。隨著閩南人陸續渡臺，閩南民俗亦被帶往臺灣。江日升《臺灣外記》載，何斌逃離臺灣，恰在“元夕”之夜。當時臺南熱蘭遮城一帶，十分熱鬧，“大張花燈、煙火、竹馬、戲彩、歌妓”。這種節日景觀與閩南地區幾乎沒有什么兩樣。不過，荷據時期，閩南不少習俗在臺灣還是受到壓制的。鄭成功收復臺灣后，閩南民間各種習俗，包括人生禮俗、婚喪喜慶、年節習俗、民間禁忌等，開始全面風行于臺灣；從名稱、形式以至內容，基本上與閩南如出一轍。例如，閩南農歷七月做“普度”，這種習俗同樣流行于臺灣。《安平縣雜記》載，“臺沿漳泉遺俗，作普度盂闌會”。春節換桃符，元宵鬧花燈，清明祀祖墓，端午競龍舟，冬至搓丸子等等，閩南各種習俗在臺灣獲得長期沿襲。所以，高拱乾《臺灣府志》“風土志”稱：“凡此歲時所載，多漳泉之人流寓于臺者，故所尚亦大概相似云。”

　　閩南地區宗教文化發達，泉州被稱為“世界宗教博物館”；閩南的民間信仰紛繁復雜，俗神雜糅。渡臺的閩南人，為尋求生存保障和精神寄托，不忘攜帶家鄉神靈。荷據時期，閩南移民已在臺南建了多座廟宇。鄭成功抗清時，曾爭取佛教支持，亦崇信閩南俗神，在收復臺灣時，便曾奉祀媽祖、保生大帝等護航。因此，明鄭政權推崇佛教，鄭經建彌陀寺，時人陳永華建龍湖寺，臺灣佛教由此興盛。與此同時，閩南俗神紛紛入臺，建起各式神廟，如供奉保生大帝的臺灣慈濟宮開基祖廟臺南慈濟宮，供奉媽祖的臺南天妃宮及鹿港天妃宮，供奉關帝的臺南關帝廟等。據康熙二十四年（1685年）《臺灣府志》載，當時已有宮廟32座，主要分布于臺南、鳳山、諸羅，大多為閩南人所建。由閩南人帶到臺灣的眾多神靈至今仍為臺灣民眾廣為信奉。

　　閩南人“好戲”，民間戲曲藝術豐富多彩，戲種很多，主要包括梨園戲、歌仔戲、木偶戲、高甲戲等，還有委婉動人的南音。荷據時期，泉州人何斌，曾從閩南請戲班赴臺在私宅演出。鄭成功收復臺灣后，閩南戲曲紛紛跟進臺灣。閩南最古老劇種之一的梨園戲，就是因為隨鄭成功渡臺的沈光文招聘泉州梨園戲班赴臺演出，從此根植臺灣，成為當地最早流行的劇種之一。梨園戲以南音為曲調，隨著梨園戲入臺，南音也開始傳入臺灣。連橫《臺灣通史》載：“臺灣之戲……七子班，則古梨園之制，唱詞道白，皆用泉音。”臺灣的歌仔戲，其前身是漳州的錦歌。隨鄭成功入臺的漳州人把錦歌帶到臺灣，逐漸演變發展成為普及性很廣的歌仔戲。《臺灣府志》載：“二月二日或十六日，各街社里逐戶斂錢，宰牲演戲，賽當境土神，名曰合福。”“合福”，正是閩南的民間傳統之一。它表明，當時臺灣的閩南社區不僅演戲頗為盛行，并且同福建閩南一樣與酬神緊密結合起來了。

　　閩南曾是福建乃至中國家族制度最為完善的地區之一。色彩斑斕的家族文化，同樣隨著渡臺閩南人很早就傳播到臺灣。不過，鄭成功收復臺灣前，閩南家族文化在臺灣的傳播，主要體現在濃厚的家族觀念及家庭祭祖、掃墓等行為；而作為家族文化最重要構成部分的家族組織與制度，以及各種有組織的家族活動，由于諸多原因仍然受到限制。鄭成功收復臺灣后，許多家族渡臺人數大量增加，人口的迅速繁衍，以及獲取生存資源的現實需要，為家族文化的全面傳播創造了重要條件，閩南家族文化在臺灣蔓延發展的步伐大大加快。渡臺的閩南家族宗親，開始依照家族祖地的傳統聚族而居，沿用祖地的郡望與堂號，因地制宜構建某種形式的家族組織，制定相應的家族制度，開展各種家族活動，如設置族田族產，創辦族塾，編纂家族支派族譜，建造家族支派祠堂，祭祀家族祖先及家族保護神，舉辦各種家族公益事業等。例如，陳永華家族在臺南的宗祠“陳氏家廟德聚堂”，就創建于明鄭時期，亦是臺灣最早的宗祠。

　　鄭成功為閩南文化在臺灣的傳播所開辟的廣闊道路，影響非常深遠。閩臺兩地共同構建的法緣、文緣、神緣和血緣關系，彰顯了中華文化在寶島的傳承，打造了兩岸一體的閩南文化，加深了渡臺閩南人及其后裔與閩南祖地的關系。閩南文化成為海峽兩岸一條無形的永遠無法割斷的精神紐帶。